本区位于中国大陆的最南部，北部有南岭、武陵山等山脉，西与滇西山原相连，南临南海，东临太平洋，地貌以丘陵为主，地势由北向东南倾斜，一般高度为海拔100米左右，少数地区海拔在1000米以上。本区以丘陵为主，低山、丘陵、盆谷、台地、平原交错分布，海域内有东山、金门等岛屿。本区地处南亚热带向热带的过渡地带，由于有山地阻挡北来寒潮的南侵，南面又受湿润多风的热带海洋影响，水热资源很丰富。地带性土壤以赤红壤为主，其次为红壤和黄壤。

　　本区的自然植被属亚热带季风常绿阔叶林，植物种类主要为桃金娘科、番荔枝科、樟科、大戟科、天南星科、无患子科、桑科、山龙眼科、茜草科、豆科、壳斗科等热带和亚热带成分。闽粤丘陵地区以华南植物区系为主，并有海南植物区系成分，广泛分布肉豆蔻科、龙脑香科的植物，还有一些热带植物种类，如蒲桃、越南山龙眼、野苹婆和红锥等。

　　台湾北部的植被属于含热带成分的亚热带类型，与华东植物区系相似，但有很多特有种，如红桧、扁柏、铁杉、冷杉、云衫、台湾五针松和台湾杉等。

　　本区有中药资源近3000种，其中药用植物约2500种，药用动物约250种，药用矿物50种，海洋药物约150种。名优和大宗药材有钩藤、千年健、何首乌、高良姜、石斛、百合、天南星、何首乌、木蝴蝶、金银花、天花粉、女贞子、川楝子、栀子、木通、麦冬、山药、瓜萎、巴戟天、桔梗、辛夷、蔓荆子、金果榄、玉竹、柏子仁、杜仲、厚朴、牛蒡子及五味子等。在中药资源普查中又发现了一些具有本地区特点的新的中药资源种类，如祁阳细辛、走马胎、沉香、广地丁、广陈皮、排钱树、安息香和剑叶龙血树等，当地的栽培药材有50多种，产量大的有山药、地黄、葛根，茯苓、藿香、肉桂、郁金、莪术、玄参、草果、泽泻、菊花、三七、枳壳、木瓜、佛手、砂仁、益智、高良姜、巴戟天、槟榔、木蝴蝶、桔梗、川楝子和穿心莲等、本区分布的药用动物有猴、乌猿、豪猪、獐、穿山甲、蛤蚧，刺猬、乌梢蛇、蕲蛇、金钱白花蛇、蝉、蝎、蟾蜍、蜈蚣、斑蝥、毛鸡、龟、鳖、土鳖、参环毛蚓、海龙、海马、乌贼、海蛇、海龟及珍珠蚌等。人工饲养的有金边土鳖和蜈蚣等。主要矿物药有硫黄、赭石、赤石脂、信石、寒水石、钟乳石、紫石英、白石英、滑石、海浮石、磁石、石蟹、琥珀、云母、芒硝、无名异、自然铜、朱砂及炉甘石等。根据自然条件和中药资源种类分布的不同，可将本区分为下列三个部分。